Al momento de crear una ventana debes de especificar una variable, con esta variable podemos modificar la posición y el tamaño de la ventana.

Primero debes de crear una ventana y darle un nombre a la variable:

MiVentana será el nombre con el que manejemos a la nueva ventana que ha sido creada

resizeTo ( )
Con esta función le especificamos al navegador el nuevo tamaño que tendrá nuestra ventana, el primer número es el ancho y el segundo lo alto
Miventana.resizeTo (400, 400)

moveBy ( )
Indica que cantidad de píxeles se va a mover la ventana a partir de su punto de origen, el primer número son los píxeles a la derecha y el segundo los píxeles hacia abajo. Se permiten valores negativos.
Se escribe el nombre de la variable luego un punto después el nombre de esta función y entra paréntesis van los números separados por una coma.
Ejemplo:
Miventana.moveBy (50, 40)
Si continuas presionando el botón de abajo observarás como la ventana se sigue moviendo

moveTo ( )
Indica la posición en la cual se colocará la ventana
Miventana.moveTo (600, 400)

Fullscreen
Este en no es un método directo como los casos anteriores, sin embargo es un gran efecto que se puede lograr con Javascript, consiste en crear una ventana de tamaño completo y después cambir su tamaño de este modo tenemos una ventana sin borde superior y de tamaño pequeño.
Para hacerlo primero crea una ventana y entre las características añade fullscreen = yes
Ejemplo:

Este método es para Explorer. En Netscape la ventana de todas formas se creará y modificará sin embargo mostrará bordes

Existen además los métodos focus ( ) y blur ( ). Cuyos efectos consisten en que la ventana tenga el foco o que lo pierda, respectivamente.